España suspende en equidad a la hora de secuenciar genomas y exomas

Especialistas en medicina genómica y genética clínica han coincidido al afirmar que, en los hospitales españoles, hay una enorme heterogeneidad a la hora de secuenciar genomas y axones humanos con finalidad clínica.

Esta fue una de las conclusiones de interés general, aportadas en la 12 reunión internacional sobre investigación traslacional y medicina personalizada, organizada por el Instituto Roche, y que este año llevó por título 'Medicina Genómica: avances en clínica e investigación. ¿Dónde estamos?'.

Federico Plaza

Un futuro muy presente

El vicepresidente del Instituto Roche, Federico Plaza, se congratuló por el hecho de celebrar una jornada en la que poder cimantar los conocimientos ya tratados en la edición anterior.

Según su opinión, hablar de medicina individualizada, y genómica es hacerlo de un futuro tan presente que permite, hoy en día, hacer más precisos los diagnósticos y tratamientos para un número creciente de pacientes. Razón por la que le directivo destacó la importancia de dar la mayor difusión posible a las tecnologías de secuenciación masiva, tanto de genomas completos, como a través de estudios más específicos de los exomas.

Jesús Fernández Crespo

Unir clínica y genética

Acompañó a Plaza el director general del Instituto de Salud Carlos III, Jesús Fernández Crespo, para quien resulta  fundamental unir genómica y práctica clínica en un esfuerzo coste-eficiente. En ese sentido, destacó la importancia de reuniones como la organizada por el Instituto Roche, en la certeza de que aproximan el sistema sanitario a su objetivo de ofrecer a los ciudadanos tratamientos y diagnósticos más individualizados.

Junto a Crespo, acogieron a Plaza el director médico de la Fundación Jiménez Díaz, doctor Javier Sierra, y la jefa del servicio de Genética del mismo centro, doctora Carmen Ayuso, quien destacó el carácter avanzado del IIS-FJD, UAM.

Montserrat Baiget

Secuencia, que algo queda

La introducción al debate sobre secuenciación masiva fue realizado por la directora emérita del Departamento de Genética del Hospital Santa Cruz y San Pablo de Barcelona, Montserrat Baiget.

La doctora empezó su exposición con la afirmación de que servir mejor a la salud del paciente pasa por no gastar muchos recursos en recoger datos genómicos, si luego no se contrastan con los datos clínicos. En cuanto a la gestión de las muestras biológicas, para la ponente debe realizarse en los biobancos, entidades que deberían estar integradas en los hospitales como cualquier otro servicio médico.

En relación a los datos genéticos, Baiget reconoció como buenos los obtenidos con la tecnología de Sophia Genetics y difíciles de interpretar los que se consiguen con la secuenciación del exoma. Después de apelar al científico H McLeod, cuando dijo que "más (información) es mejor, pero duele más", la especialista afirmó que los retos actuales en medicina genética consisten en lograr datos analizables, con significancia clínica y aplicabilidad, por ejemplo, a los estudios y diagnósticos genéticos.

Juan Cigudosa

Autismo y diagnóstico prenatal

El jefe de la Unidad Citogenética Molecular del CNIO, Juan C. Cigudosa, ofreció una perspectiva global de la medicina genómica en España, a partir del autismo como conjunto de trastornos con amplia base genética. Desde este fundamento genético, el ponente distinguió varios tipos de autismo, según su causa, aunque se ciño a dos grandes bloques de ellos.

El primero que comentó fue el síndrome genético, desde el caso de un niño de 14 años, con la conclusión de que el autismo es heredado en el 50 por ciento de las situaciones, correspondiendo al resto de los casos variaciones heredables o TEA no sindrómicos. Para determinar una u otra categoría, los diagnósticos se confirman a partir de un estudio array. Muchas veces, aclaró Cigudosa, es necesario analizar los 19.000 genes de la madre y los 19.000 del padre. Porque se sabe que de las 40.000 variantes que pueden darse por exoma, es necesario no llegar a más de diez.

En diagnóstico prenatal, el doctor Cigudosa anticipó la verdadera revolución debida al análisis del DNA circulante (NIPT). Entre sus pioneros, el ponente citó a Dennis Lo, Jung Wang y Kypros Nicolaides, titulares de compañías rivales en la actualidad que ya permiten detectar la trisomía genética en sangre.

Carmen Ayuso

Con inequidad y sin troncalidad

Como parte final de su charla, Cigudosa comentó una encuesta realizada a hospitales de nivel tres de todo el país. Sobre la pregunta de cuántos arrays hicieron el año anterior, la variabilidad fue muy grande desde los grandes servicios de Genética. Mientras algunos de ellos apenas realizaron algunos arrays para sus informes genéticos, otros los hicieron a miles.

En ese mapa de inequidad donde sobresalen Madrid y Cataluña por su mayor actividad, existen según el ponente diferentes estrategias. Tales como externalizar la secuenciación y hasta la generación de informes. Como centros concretos, Cigudosa citó el Hospital de Son Espases (Mallorca) y La Paz (Madrid), partidarios de realizar estudios sobre la totalidad del exoma.

La última idea de Cigudosa fue escandalizarse por las noticias que hablan de test de exomas a 200 euros o genomas a 1.000, ya que esto supone dar cifras sólo de los reactivos, sin incluir la sabiduría y experiencia necesarios. Se lamentó también el ponente porque la suspensión del Tribunal Supremo del real decreto de troncalidad dio al traste con el tronco único para laboratorio, realmente muy bien definido en la ley, en su opinión.

Mónica Bayés

Secuenciación masiva extrema

La jefa de administración y programas del CNAG de Barcelona, doctora Mónica Bayés, analizó la aplicación actual que se hace de la investigación genómica, a nivel nacional e internacional.

De su propio centro explicó que se dedica a la secuenciación masiva, con capacidad de analizar diez genomas al día. Aunque no haga actividad clínica, Bayés informó que los 70 profesionales del CNAG secuencian fundamentalmente ARN, DNA y exomas de origen humano, además de cromatina y genes vegetales.

En oncología, la ponente detalló el test realizado sobre meduloblastoma, a partir de la colaboración realizada con 18 grupos internacionales de investigación. Como resultado, Bayés destacó un gold standard en esa experiencia de 400 variantes. En leucemia linfobástica crónica, el CNAG aportó a la participación española del consorcio internacional del cáncer, importantes variaciones genómicas identificadas.

Por otro lado, la ponente citó el proyecto RDCONNECT sobre la base genética de distintas enfermedades raras. Se trata de a plataforma generadora de datos genómicos y clínicos que permiten ofrecer listas de genes candidatos y perfiles de heredabilidad. Actualmente, RDCONNECT opera sobre una población de más de 6.000 pacientes. Sobre las unidades de secuenciación masiva, Bayés concretó que un genoma base ocupa una gigabase, mientras que su centro tiene capacidad de generar volúmenes al inmenso vplumen de Zetabases

Emilio Alba

Testicular, mama, ovario

El director de UGCI Oncología Integral del Hospital Virgen de la Victoria de Málaga, doctor Emilio Alba, disertó sobre la aplicación de la secuenciación masiva al cáncer, con especial atención al manejo de los resultados y el equipo profesional necesario para su uso clínico.

Partió el ponente del planteamiento clásico en oncología, destinado a matar todas las células tumorales como si se usara una bomba atómica. A pesar de que ese enfoque es útil al erradicar tipos de cáncer como el testicular, "o de los futbolistas", el doctor Alba prefirió hablar de tratamientos selectivos e individualizados. Para ello, puso ejemplos de linfomas y, dentro de su especialidad, también de cáncer de mama. En esta patología, dentro de su tipo Triple Negativo, más mortal, el ponente habló de hasta siete subtipos.

De igual modo, Alba destacó las mutaciones en BRCA 1, observadas en determinados tumores papilares de ovario. En general, el ponente destacó la importancia de investigar DNA para poder precisar los diagnósticos de numerosos tipos de cáncer y orientar eficazmente sus tratamientos.

Así, el ponente tambíen habló de las siete dianas terapéuticas que ya resulta imprescindible concretar en cáncer de pulmón. En cuanto a la dinámica de trabajo con esta información, informó que se realiza mediante paneles de datos, estandarizados en presentaciones comerciales. Como ventajas de las nuevas formas de secuenciar.

Pablo Lapunzina

Tecnología cada vez más barata

Cerró el desfile de ponentes el coordinador de IMMGEN y director científico del CIBERER, Pablo Lapunzina. El planteamiento de su charla fue detectar los últimos cambios experimentados en la materia tratada.

En la transición de la genómica a la genética clínica, el ponente aclaró que el término medicina genómica resulta más avanzado que medicina de precisión. En cuanto a su auge, Lapunzina destacó la bajada de los costes ajustados al número de pacientes, que en genómica ha caído 100.000 veces. Sin embargo, el genetista clínico también destacó, en sentido contrario que, desde mediados del siglo XIX la mortalidad ha descendido tres veces, a diferencia de los costes sanitarios, que se han multiplicado 35 veces en el mismo tiempo.

Vamos a "fenotiparnos"  todos

Concluyó su discurso este ponente con la puesta en valor de la figura del genetista clínico, ya que la biología siempre es asimétrica y no basta con saber dónde hay una mutación genética, sino que es necesario conocer su funcionalidad. Lapunzina puso el ejemplo de Jay Flatley, CEO de Illumnina Genetics, que descubrió que era portador de hipertemia maligna, una patología que puede convertir en mortal cualquier intervención quirúrgica. De ahí la importancia de llegar a disponer de un fenotipado de cada individuo, con una nomenclatura internacionalmente aceptada (HPO+ números).

Encarna Guillén

Cronicidad en Murcia

Cerró la jornada la consejera de Sanidad de la Región de Murcia, doctora Encarna Guillen. Como pediatra y genetista, su conferencia magistral trató sobre el impacto de la medicina personalizada en el SNS.

Sus primera palabras mostraron que, por un lado, el cuerpo humano es una fuente inagotable de Big Data, mientras que, por el otro, se acerca al sistema sanitario una "tormenta perfecta" desatada por la cronicidad de la población y el coste creciente de las innovaciones terapéuticas y tecnológicas.

Para situar su tema de análisis, la consejera Guillén describió la normativa y los consorcios europeos, centrados en la medicina personalizada, y aludió al proyecto Obama que en esta materia tiene previsto reclutar a un millón de voluntarios de Estados Unidos, con objeto de extraer toda su información genética. Finalmente, y en relación a su región, la política murciana aseguró que sus esfuerzos se dirigen a poder asimilar los cuidados que se prestan al cuatro por ciento de la población, en su mayoría compuesto por pacientes crónicos, que consumen la mayor porción del presupuesto sanitario, en los tramos finales de la vida.