En las cuestiones prejudiciales consta que Boehringer Ingelheim es la filial húngara de un laboratorio cuya principal actividad es la comercialización de medicamentos subvencionados a mayoristas, quienes los venden a farmacias que, luego, los distribuyen a los pacientes. En Hungría, los fármacos se venden al por menor, a excepción de los hospitales, a través de farmacias. Estas se abastecen de distribuidores mayoristas y mayoristas de empresas de distribución farmacéutica, como Boehringer Ingelheim.
El TJUE considera que "el sistema común del impuesto sobre el valor añadido debe interpretarse en el sentido de que excluye una normativa nacional que establezca que una empresa farmacéutica no puede deducir de su impuesto base del IVA la parte de su facturación procedente de la venta de medicamentos subvencionados por el organismo estatal de salud que abona a este organismo".
En virtud del contrato
"En virtud de un contrato celebrado entre esta última y esta empresa, por razón de que los importes abonados al respecto no han sido determinados con base en los términos previamente fijados por dicha empresa en el marco de su política comercial y que estos pagos no fueron realizados con fines promocionales", resuelve la sentencia.En consecuencia, y según Directiva 2006/112, "deben interpretarse como opuestos a la legislación nacional que somete la reducción a posteriori de la base imponible al IVA a condición de que el sujeto pasivo tenga derecho al reembolso cuente con factura a su nombre que establezca la ejecución de la transacción que da lugar a dicho reembolso, aún cuando dicha factura no haya sido emitida y que la ejecución de esta transacción pueda establecerse por otros medio".